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In the context of information and media warfare, the series revolves around an exciting thriller, and its impact on people's daily lives.

In 2012, after the events of Digimon Adventure: Last Evolution Kizuna, the early adulthood DigiDestined—Daisuke, Miyako, Iori, Takeru Takashi, Hikari, and Ken—must reconcile their new responsibilities with their Digimon partners. But Rui Owada, a mysterious young man, appears, claiming to be the first human to partner with a Digimon–Ukkomon. Could Rui really have been the first-ever DigiDestined?

2062年，为了轨道电梯的所有权，地球分为两大阵营互相争夺；主角桂木桂隶属的自由宇宙军，计划以新研发的D兵器“时空震动弹”破坏轨道电梯的能源供应，但是行动遭遇到敌对阵营的猛烈炮火而不得不撤退。危急中怒火中烧的桂木桂，启动了尚未调整好的时空震动弹，结果引发了始料未及的时空混乱，造成多元世界同时出现互相混合，并形成了“相克界”；桂木桂也因此被卷入震波而时空转移，来到了事件发生的20年后的混乱时空世纪20年。 桂木桂被埃曼人（エマーン）的商队寻获并一同行动，但是桂木桂由于身为修复混乱时空的关键“特异点”，成为各势力争夺的目标；在不断战斗与寻求解决之道的同时，桂木桂官校的同窗欧森竟然出现在眼前，并且与他兵戎相见；桂木桂甚至还见到了自己未来的女儿雅典娜。桂木桂最终将面对新旧交杂的世界，并试图修复时空混乱的局面。而桂木桂终于发现，要想让时空回归正轨的最后手段，竟是得前往当初时空震动弹启动前那一刻的时空中，并杀死当时的自己…

2012年2月，东京铁塔上空出现了巨大的数码蛋。就在本宫大辅（20岁）和V仔兽修行拉面技艺的时候，遇到了虽然拿着有裂纹的数码器，但身边没有搭档数码兽的迷之青年——自称“我没有数码兽，我的搭档数码兽被我杀了，我是世界上最初和数码兽建立搭档关系的人类。”

2012年2月，东京铁塔上空出现了巨大的数码蛋。就在本宫大辅（20岁）和V仔兽修行拉面技艺的时候，遇到了虽然拿着有裂纹的数码器，但身边没有搭档数码兽的迷之青年——自称“我没有数码兽，我的搭档数码兽被我杀了，我是世界上最初和数码兽建立搭档关系的人类。”